Va néixer el 8 d’octubre de 1885 a Santa Marta, Badajoz, on residia. Estava casat amb Carmen Escobar, tenia tres fills i era pagès de professió. El 13 d’octubre de 1941 va morir a la Colonia Penitenciaria quan tenia 56 anys, com a conseqüència d’una caquexia, tuberculosis pulmonar. Segons l’historiador extremeny Francisco Espinosa, el germà de Manuel, Demetrio Gordillo Vega, de 41 anys, fou assassinat pels rebels a Santa Marta, Badajoz, el 20 de setembre de 1936. La germana de Manuel i Demetrio, Antonia Gordillo, fou també assassinada, encara que no es coneixen els detalls del crim.